בכיס המרה עלולות להצטבר "אבנים" העשויות משלושה סוגים: כולסטרול, מלחי מרה ואבני תערובת של כולסטרול, מלחי מרה וסידן. אבנים אלו יכולות להיות א-סימפטומטיות, או לגרום כאבים. כאבים אופייניים לאבנים בכיס המרה הם כאבים פתאומיים בבטן הימנית העליונה שמקרינים לגב ולכתף ימין, לעתים לרום הבטן ולבית החזה, מלווים בבחילות ו/או הקאות, אשר תוקפים בהתפרצויות, בעיקר לאחר אכילת מזון שומני או באישון ליל.